リファレンス（素体）とは
身体の部分のことです。日本語では素体というようです。
Outfit StudioではReferenceという用語になっていますので、英語圏ではリファレンスというようです。
リファレンス（素体）をどこに使うか
何も着ていない場合は種族のデフォルトのWorn Skinが表示されます。いわゆる裸です。
パスでいうと以下になります。
meshes\actors\character\CharacterAssets\FemaleBody.nif
バニラの人間の女性の場合です。
CBBEやFusionGirlの場合、このファイルはリファレンスそのものです。バニラだと下着が付いています。
大抵は何かを着ているため、リファレンスが置き換わります。置き換わる条件は装備のスロットに33番（BODY）を持つかどうかです。
Vaultスーツやレイダーが着ている服がそうです。見た目が裸から服を着た姿に変化するわけです。正確には首から下がまるごと入れ替わっているので、裸の上に着ているわけではありません。
防具やヘルメット、メガネや指輪はその上に重なって表示されます。スロットに33番を持っていないからです。重なったときにきれいに表示されるように調整されています。
Modの装備の場合
パーツ数の多い装備の場合、大抵は靴にリファレンスが付いています。なぜ靴なのかはわかりません。
Skyrimの場合は胴装備にリファレンスが付いています。ただし、Skyrimは足首から下が独立していて靴を履くと入れ替わる仕組みなので、Fallout 4とは少し違います。Fallout 4は胴、手、頭の3つになります。
上着、パンツ、手袋、帽子、その他の靴ではない箇所にはリファレンスが付いていません。ですからリファレンスの上に重なって表示されます。これらはすべて、きれいに表示されるように調整しておかなければならないわけです。
ゲーム内での変形（Morph）は頂点を移動させる
LooksMenuのF4EEにはゲーム内で動的にMorphを適用できる機能があります。これをうまく活用すると、重ね着した時だけクリッピングを防止したり、食い込みを表現できます。
頂点を増やしたり減らしたりはできないようです。BodySlideでメッシュを生成する際にZapスライダーで頂点を減らすことはできますが、事前に生成するメッシュだからできるというわけです。
テクスチャには透明にする機能がありますので、ゲーム内で使うテクスチャを変更して部分的に見えなくすることは可能です。長い丈のシャツを短くしたり、パンツをショート丈にしたりしている例があります。
リファレンスの場合はテクスチャを加工したりゲーム内で差し替えるのは難しそうなので、テクスチャで部分的に隠すのには向いていないようです。
食い込みを表現する
食い込みとはニーソがふとももに食い込んだり、紐が食い込んだりして肉が少し盛り上がることを言います。
この食い込みはリファレンス込みの装備だと作りやすいです。なぜならリファレンスの頂点を増やしたり減らしたりできるからです。
食い込みが発生している箇所は凹ませたり盛り上げたりするわけですが、リファレンスはそこまで精度が高くないため、形が歪になりがちです。そこで、食い込みの部分に頂点を足すことで、きれいに仕上げることができます。
クリッピングを防止したい箇所はZapスライダーで頂点を削ってしまうのが簡単です。
このようにリファレンスを加工するには装備がリファレンス込みでないと無理なわけです。
リファレンスは胴装備の方が良さそう
このように食い込みをするならリファレンス込みが良いわけですが、食い込むのは大抵上半身に着るものか、下半身に履くものなので、胴装備にリファレンスを含めるのが良さそうです。
靴にリファレンスを含めると、できるのは足首から下をZapスライダーで削ることくらいなので、あまりメリットを感じません。
例えばビキニの上下を食い込ませる場合、リファレンスにビキニの上下を含ませて食い込みを実現し、スロット33番の装備としてゲームに登録します。靴は別のスロットを使って別途履くようにします。さらにスカートや上着を重ねて着てもいいでしょう。
ヒールのような靴の場合、そのまま履くとどうしてもリファレンスと合わないため見た目がおかしくなります。そこでMorphを使います。リファレンスを含む装備にはヒール用に足が変形するスライダーを用意しておきます。ヒールを履いているときだけそのスライダーを適用すれば、ヒールと足がきちんと合うわけです。
